微波灭菌机是一种物理杀菌方法，不需要添加任何化学产品就能够杀菌，而且不会对任何事物产生放射性物质的污染，也不会残留毒性，安全无害。而且在同一温度下， 微波杀菌器的杀菌时间短，还不不需要预热，且杀菌效果非常好，微波能同时对物料表里实施整体杀菌，很大的缩短杀菌周期，并保证杀菌一致性。
微波灭菌机主要应用于：
用于粉状、颗粒、片状等食品、药品、营养品、粮食制品、农副产品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、杀菌，杏仁、花生、红枣、桃仁、板栗的烘烤、膨化、杀菌、脱皮，酱菜、卤味、各种肉制品小包装的防霉、杀菌、保鲜。
1、易于控制：微波加热的热惯性很小。如果由微机控制，则特别适宜于加热过程和加热工艺的自动化控制。
2、无污染：微波能量本身不会污染食物。微波具有热效应和非热效应的双重杀菌效果，可在较低温度下杀灭细菌。这提供了一种能够在食品中保持更多营养成分的加热杀菌方法。
3、节能高效：在微波加热中，微波能量只能被被加热物体本身吸引产生热量，加热室壁和加热室中的空气和相应的容器不会产生热量，因此热效应很高，产生的效果明显改善。
4、均匀加热：对于常规加热，为了提高加热速度，需要提高加热温度，这容易产生内部外部结焦的现象。微波加热时，物体的各个部分通常都能均匀地透过电磁波产生热量，因此均匀性大大提高。
5、对物料选择性加热：微波对不同物质有不同的作用，有利于干燥操作。因为水分子更好地吸收微波，所以含水量高的部分比含水量低的部分吸收更多的微波功率，这是选择性加热的特征。当微波用于处理木材、纸板和其他产品时，利用这一特性可以实现均匀加热和干燥。
6、加热速度快：常规加热，如火焰、热空气、电加热、蒸汽等。利用热传导原理将热量从被加热物体的外部传递到内部，逐渐升高物体中 心的温度，这称为外部加热。在中心部分达到所需的温度需要一定的时间，对于导热性差的物质则需要更长的时间。
微波杀菌是把加热物质本省变成一个加热元件，这叫做内部加热模式。它不需要导热过程，内外同时加热，因此能在多时间内达到加热的效果。
